分类
按年度分类：将档案按其形成的年度分开，不同年度的档案分别整理。这种方法适用于大多数档案，能保持档案在时间上的连续性。
按机构分类：按照档案形成的机构或部门进行分类，便于查找和利用与特定机构相关的档案。
按问题分类：根据档案所反映的主题或问题进行分类，能集中反映某一特定问题的相关档案。
按保管期限分类：将档案按规定的保管期限进行分类，如、长期、短期，以便于档案的鉴定和销毁。
实际操作中，通常采用复式分类法，如年度 - 机构、年度 - 问题等组合方式。
全宗原则：全宗是一个独立的机关、组织或个人在社会活动中形成的全部档案的有机整体。档案整理要维护全宗的完整性，即同一全宗的档案不可分散，不同全宗的档案不得混淆。这有助于保持档案之间的内在联系，反映一个特定主体的活动全貌。比如，某企业的档案构成一个全宗，其各个部门、各个时期形成的档案都应归属于这个全宗，不能将该企业的档案与其他企业的档案混在一起整理。
有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
参考相关标准和规范
国家标准和行业标准：许多行业和领域都有关于档案分类的国家标准或行业规范，这些标准提供了通用的分类框架和主题词表，可以作为确定主题和分类标准的重要参考。例如，《企业档案工作规范》《机关档案工作条例》等对不同类型档案的分类都有相应的规定。
专业分类体系：对于一些特定的专业领域，如医学、法学、历史学等，有专门的分类体系和主题词表。在整理相关专业档案时，可以借鉴这些专业分类体系，使档案的分类更加科学、准确，便于专业人员的利用和研究。