鱼缸里面的水因为大量喂食、排析物和鱼身上的分秘物的产生，会有越来越多的有机物质积累，这些有机质废物会凝聚、附着在缸壁上，而大量的都悬浮在水中或沉于底砂上。由于水温高，有机物会加快腐败，导致混浊度增加，水质变坏，溶氧量明显降低，氨及硝酸盐大量增加，水会变得十分浑浊，鱼在这样的水中生活极易得病，甚到死亡。在鱼缸中建成一个生态过滤系统，进行有效的生态过滤，将有机质分解，就可以减少这些附着物的产生，不仅将水中的固体废物过滤清除，使水体变得十分清澈，水质稳定，还可以有效减少鱼病的发生。
气动式过滤：在此种过滤系统中比较有名的应该算是惠宏产的水妖精，原理是利用气举使水流入过滤体(生化棉、过滤棉)中，进行生物过滤过程。过滤效果还算可以，但是一般须要配合上滤等物理过滤系统使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鲷等较少量、小型的鱼缸内。
外置式过滤器(过滤桶)：桶状结构，水泵一般置于桶盖中，有IN和OUT两个管道，经由IN口管道从鱼缸中抽取水，在过滤桶内进行物理和生化过滤过程，再经由OUT口出水管流回鱼缸中，滤体较大，但清洗起来不便，建议大家半年左右清洗一次。
上部过滤器(上滤) ：架于鱼缸上部的过滤槽(盒)，它是由沉水式水泵或离水式水泵来供水的，能过泻流口，让水回流到水族箱内，维护起来比较方便。但是对于水草缸不推荐用此种过滤器。同时也不推荐在繁殖缸、幼鱼缸中使用，这样会导致亲鱼受到惊吓、小鱼被吸入上滤。